|
|
Komparativní studium kmenů Trichomonas vaginalis s různou mírou rezistence k metronidazolu
Havelka, Michal ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kopáček, Petr (oponent)
Trichomonas vaginalis je anaerobní prvok způsobující lidské onemocnění trichomoniázu. Nejčastěji užívaným lékem v boji proti trichomoniáze je metronidazol. Metronidazol má vysokou účinnost, přesto se v některých případech setkáváme u T. vaginalis s rezistencí k tomuto léčivu. U T. vaginalis se rezistence k metronidazolu dělí na dva typy podle podmínek, ve kterých se projevuje - aerobní a anaerobní rezistence. Oba typy rezistence jsou spojené se změnami ve fyziologii parazita. Cílem této práce bylo charakterizovat změny v hydrogenozomu a cytosolu spojené s rezistencí k metronidazolu na úrovni proteomu aerobně rezistentních klinických izolátů, aerobně rezistentní linie MR3 a anaerobně rezistentní linie MR100. Práce si zároveň kladla za cíl charakterizovat funkci hybrid-cluster proteinu a pokusit se objasnit jeho úlohu při vzniku rezistence, jelikož jeho produkce výrazně stoupá u aerobně i anaerobně rezistentních kmenů T. vaginalis. Tato práce přispěla k identifikaci několika potenciálních proteinů, jež by mohly hrát roli při vývoji rezistence k metronidazolu, a vytvořila opěrný bod pro další metabolomické a biochemické studie kmenů T. vaginalis rezistentních k metronidazolu.
|
|
|
Tvorba biofilmu Mycobacterium smegmatis na skleněných a zirkoniových kuličkách-proteomová studie
Sitařová, Barbora ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tvorba biofilmů Mycobacterium smegmatis na skleněných a zirkoniových mikrokuličkách - proteomová studie Tvorba biofilmů je univerzální strategie bakterií pro přežití, tvorbou biofilmu bakterie získávají řadu výhod oproti planktonním buňkám. Přibližně 99% světové bakteriální populace se nachází ve formě biofilmů. Existence mikrobiálních biofilmů má pro lidstvo pozitivní i negativní dopad. Biofilmy předurčují úspěšnost patogena zvýšenou rezistencí vůči antibiotikům a imunitní reakci hostitelského organismu. Mykobakterie, které mají schopnost vytvářet biofilmy na různých povších se liší od ostatních bakterií unikátní stavbou buněčné stěny. Ta poskytuje bakterii vysokou odolnost vůči fyzikálnímu a chemickému poškození. To je jeden z důvodů proč je Mycobacterium tuberculosis považováno za velmi potentního patogena. Studium mykobakteriálních biofilmů je motivováno snahou zdokonalit a nalézt nové léčebné postupy. Tato práce je zaměřena na morfologickou a proteomickou srovnávací analýzu biofilmů získaných kultivací Mycobacterium smegmatis na povrchu skleněných a silica- zirkoniových mikrokuliček, biofilmu na povrchu média a planktonicky žijící kultury. Pro analýzu plovoucího biofilmu jsme vytvořili techniku přípravy preparátu umožňující pozorování v SEM. Ukázali jsme, že plovoucí biofilm vzniká ze shluků...
|
|
|
Amastigoti různého původu: srovnání proteomu a vývoje v přirozeném přenašeči.
Pacáková, Lenka ; Leštinová, Tereza (vedoucí práce) ; Paris, Zdeněk (oponent)
Amastigoti jsou formy leishmanií přirozeně se vyskytující v obratlovčím hostiteli uvnitř fagocytujících buněk - zejména makrofágů. Cílem tohoto projektu bylo porovnat mezi sebou tři typy amastigotů leishmanií, které je v současnosti možné v laboratorních podmínkách využívat k experimentům. Těmito typy jsou axeničtí amastigoti, kultivovaní extracelulárně (bez fagocytických buněk obratlovce), amastigoti izolovaní z ex vivo infikovaných makrofágů a "praví" amatigoti, izolovaní z léze infikované BALB/c myši. Amastigoti byli porovnáváni na úrovni vývoje v přirozeném přenašeči a na úrovni proteomu. K tomuto srovnání byl zvolen druh L. mexicana, původce kožní leishmaniózy v Novém světě. V experimentech porovnávajících vývoj leishmanií v přirozeném přenašeči Lu. longipalpis jsme prokázali signifikantně slabší infekce u flebotomů infikovaných axenickými amastigoty ve srovnání s ostatními typy amastigotů. Mimo intenzity infekce jsme porovnávali i lokalizaci promastigotů v trávicím traktu flebotoma. Sledována byla lokalizace v abdomenu, thoraxu, kardii a stomodeální valvě, jejíž kolonizace je klíčová pro infekčnost flebotoma. U žádné ze skupin amastigotů nebyl zaznamenán signifikantní rozdíl v lokalizaci. Pro porovnání proteomů jednotlivých typů amastigotů jsme využili kvantitativní proteomickou analýzu LC/MS...
|
|
|
Studium interakce houby Pleurotus ostreatus a bakteriálních kultur na abiotickém nosiči - morfologická, biochemická a proteomická analýza
Kozická, Barbora ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Ligninolytické houby jsou významné svými biodegradačními schopnostmi, které lze využít při odstraňování mnoha významných polutantů z životního prostředí, včetně průmyslových barviv. Jako zástupce této skupiny hub byl vybrán Pleurotus ostreatus a byla vytvořena modelová situace pro jeho průmyslové využití při dekolorizaci textilního barviva Remazol Brilliant Blue R (RBBR), které je odpadním produktem textilního průmyslu. Houba byla imobilizována na inertním nosiči (kostky polyuretanové pěny) v neprůtokovém "fixed- bed" bioreaktoru a byla simulována kontaminace houbového filtru bakteriemi, kterou lze předpokládat v praktické aplikaci při čištění odpadních vod. Jako modelová bakterie byla zvolena bakterie Rhodococcus erythropolis. Cílem této práce bylo studium vzájemných interakcí houby a bakterie v bioreaktoru při dekolorizaci barviva. Degradační schopnosti houby byly sledovány na základě produkce ligninolytických enzymů, jež se uplatňují v procesu dekolorizace. Při pozorování růstu směsné kultury houby a bakterie v bioreaktoru bylo zjištěno, že R. erythropolis v kokultuře s P. ostreatus nerostl, došlo k vymizení bakterií z kultivační tekutiny. Bylo prokázáno, že ani vysoká koncentrace houbového enzymu lakázy v médiu, změna pH média vlivem růstu P. ostreatus nebo snížení množství glukózy v médiu...
|
|
|
Morfologické, fyziologické a proteomické změny obilnin vystavených abiotickému stresu
Kantová, Anežka ; Vítámvás, Pavel (vedoucí práce) ; Hnilička, František (oponent)
Obilniny patří mezi nejstarší plodiny, které byly lidmi pěstovány a využívány jako významné složky stravy. Jsou pro lidskou populaci důležitým zdrojem obživy a mají širokou škálu využití, převážně v potravinářském průmyslu. Obilniny obecně slouží jako zdroj energie ve stravě, díky vysokému obsahu škrobu. Nejčastěji pěstovanými druhy obilnin jsou především pšenice, ječmen, žito, rýže, kukuřice, dále pak i další druhy jako jsou oves a proso. Avšak ani obilninám se nevyhýbají problémy, spojené s působením abiotických stresových faktorů. Jejich vliv na všechny rostliny se projevuje snižováním vitality, ale u kulturních plodin - jako jsou obilniny - hlavně snižováním výnosu. Právě kvůli snižování výnosu je dnes šlechtění odolných genotypů obilovin v předním zájmu šlechtitelů. Tato práce shrnuje základní principy působení abiotického stresu na rostliny a vysvětluje reakce některých druhů obilnin na uváděné abiotické stresové faktory. Klíčová slova: proteom, fysiologie, obilniny, abiotický stres, výnos
|
|
|
Function of PsbO isoforms
Duchoslav, Miloš ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Špunda, Vladimír (oponent) ; Sobotka, Roman (oponent)
(česká verze) Oxygenní fotosyntéza je zásadní pro většinu forem života na Zemi. Rozklad vody, při kterém se uvolňuje kyslík, je zajišťován fotosystémem II (PSII), pigment-proteinovým komplexem nacházejícím se v tylakoidní membráně chloroplastů. PsbO je jeho nepostradatelná podjednotka, která se váže na transmembránové podjednotky PSII z luminální strany. Hlavní funkcí PsbO je stabilizovat a chránit manganový klastr (Mn4CaO5), na kterém probíhá rozklad vody. Pravděpodobně má však i další, doplňkové funkce. Tyto doplňkové funkce mohou být rozdílné u izoforem proteinu PsbO, což bylo navrženo pro huseníček (Arabidopsis thaliana), který exprimuje dva geny kódující proteinové izoformy PsbO1 a PsbO2. Tato dizertační práce je zaměřena na doplňkové funkce PsbO s důrazem na rozdíly mezi izoformami. Analýzou sekvencí psbO jsme zjistili, že kromě huseníčku exprimuje dva geny psbO i mnoho dalších druhů rostlin. Zajímavé je, že duplikace genu psbO proběhla mnohokrát nezávisle, typicky ve společném předkovi současných čeledí krytosemenných rostlin. Nicméně izoformy PsbO se přesto liší na podobných místech struktury. To naznačuje, že u PsbO mohlo proběhnout paralelně u různých linií podobné rozrůznění funkcí. Biochemická charakterizace PsbO ze zelené řasy Chlamydomonas reinhardtii a dvou izoforem PsbO z bramboru...
|
|
|
Mechanisms of microbiota regulation during the estrous cycle of the house mouse.
Dodoková, Alica ; Stopková, Romana (vedoucí práce) ; Janotová, Kateřina (oponent)
Existuje len málo prác, ktoré by poskytovali prehľad charakteristík estrálneho cyklu, súvislosť estrálneho cyklu s fyziologickým prejavmi, akým je pH vaginálneho prostredia, ako aj dynamika vaginálnej mikrobioty u divokých myší. Cieľom tejto práce je prispieť k pochopeniu dynamického vzťahu medzi vonkajšími vplyvmi na fyziológiu samičieho reprodukčného systému, vyvinutie spoľahlivej metodiky na meranie pH vaginálneho mikroprostredia u myší a kvantifikovať celkovú abundanciu niektorých bakteriálnych rodov porovnaním metód sekvenovania a qPCR. Výsledky naznačujú, že najvýraznejší vplyv na predĺženie fázy estru má fyzická prítomnosť samca v klietke, na rozdiel od nesignifikantnej čuchovej stimulácie močom. Taktiež sa ukázalo, že kolísanie pH vaginálneho prostredia má cyklický charakter a metóda qPCR ukazuje, že zloženie vaginálnej mikrobioty sa počas fázy estru výrazne odlišuje od ostatných fáz estrálneho cyklu, čo potvrdilo aj 16S rRNA sekvenovanie. Tieto výsledky teda prinášajú komplexný pohľad na premenlivosť estrálneho cyklu s dôrazom na premenlivosť vaginálnej mikrobioty a zmenu pH prostredia. Kľúčové slová: myš, estrálny cyklus, estrus, pH, mikrobiota, qPCR
|
|
|
Variability of the domestic chicken breeds in selected immunological traits of hen and egg
Bílková, Barbora ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Plachý, Jiří (oponent) ; Trefil, Pavel (oponent)
v českém jazyce Imunitní systém ptáků je komplexním systémem obranných mechanismů zamířených proti širokému spektru patogenních nákaz. Dle koevolučních modelů je variabilita v imunitním systému hostitele naprosto zásadním parametrem poskytujícím schopnost adaptace a zlepšování těchto obranných mechanismů při neustálém selekčním tlaku ze strany patogenů. Kur domácí (Gallus gallus f. domestica) je často využívaným modelovým druhem v biologii ale zároveň také jedním z nejdůležitějších hospodářských zvířat, jak pro produkci masa, tak i vajec. Pro výzkumné účely jsou ale bohužel ve většině případů používány inbrední linie kura domácího a moderní drůbeží produkce je spojena s jednostranným šlechtěním směrem k vysoké produktivitě plemen. To vede ke ztrátám vnitro-populačního polymorfismu slepic. Ovšem právě v případě hospodářských zvířat je hledání a rozšiřování zdrojů imunologické variability pro účely zesílení resistence proti patogenům naprosto zásadní z hlediska udržení zdravé populace drůbeže a biologické nezávadnosti jejích produktů. Požadovanou imunologickou variabilitu můžeme hledat u morfologicky vysoce rozrůzněných tradičních plemen kura domácího, která se po staletí vyvíjela pod vlivem nejrůznějších selekčních tlaků. V mojí dizertační práci jsem popsala variabilitu ve vybraných imunologických...
|
|
|
Analýza a identifikace proteinů při orgánových dysfunkcích pomocí proteomických metod
Tůma, Zdeněk ; Matějovič, Martin (vedoucí práce) ; Lopot, František (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Proteomika se zabývá hromadným studiem proteinů a jejich vlastností, především struktury a funkce. V medicíně bývá využívána pro analýzu fungování tkání a orgánů ve zdraví a nemoci a hledání biomarkerů. Metody zahrnují přípravu vzorku, separační techniky a hmotnostní spektrometrii. Protože neexistuje univerzální metoda pro analýzu libovolného biologického vzorku, proto analytické techniky vyžadují optimalizaci pro konkrétní typ vzorku a požadované výstupy. Cílem práce bylo vytvořit metodické postupy a vyhodnotit proteomické výsledky ve dvou výzkumných rovinách: experimentální a klinické. První část práce obsahuje experimenty využívající proteomiku pro studium změny proteomu plazmy v klinicky relevantním prasečím modelu sepse vyvolané peritonitidou. Proteomické analýzy byly rovněž výchozí metodologickou strategií v experimentech zaměřených na fyziologii ledvin a patofyziologii akutního poškození ledvin v průběhu sepse. Analýzou biopsií ledvin byl sledován časový průběh změn proteomu způsobený sepsí a chirurgickým zásahem. Ve druhé části dizertační práce jsou zahrnuty práce zabývající se biokompatibilitou mimotělních očišťovacích metod. Byla připravena metoda pro analýzu proteinů interagujících s povrchem kapilár hemodialyzátorů a s adsorbenty systému náhrady funkce jater. Analýzou proteinů...
|
|
|
The role of evolutionarily conserved proteins BIR-1/Survivin and SKP-1 in the regulation of gene expression
Kostrouch, David ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Dráber, Pavel (oponent) ; Pacák, Karel (oponent)
Souhrn SKIP a BIR/Survivin jsou evolučně zachovalé proteiny. SKIP je známý transkripční a sestřihový kofaktor a BIR-1/Survivin reguluje bunečné dělení, genovou expresi a vývoj. Inaktivace SKP-1 a BIR-1 indukuje podobné vývojové fenotypy. K odhalení možných interakcí SKP-1 a BIR-1 jsme použili kvasinkový dvojhybridní systém a knihovnu kompletní mRNA C. elegans. Tyto experimenty identifikovaly částečně se překrývající kategorie proteinů jako interaktory proteinů SKP-1 a BIR-1. Identifikované interagující proteiny zahrnovaly ribozomální proteiny, transkripční faktory, translační faktory, cytoskeletální a motorové proteiny. Tyto výsledky naznačují jejich možnou účast v mnohočetných proteinových komplexech. Pomocí krátkodobé nadměrné exprese BIR-1 jsme sledovali účinek BIR-1 na proteom C. elegans v larválním stádiu L1. To způsobilo dramatickou změnu v celém proteomu což naznačuje, že BIR-1 má schopnost změnit chromatografický profil mnohočetných cílových proteinů včetně těch, které jsme již dříve identifikovali jako interagující proteiny v experimentach s kvasinkovým dvouhybridním systému. Výsledky jsme následně potvrdili pro RPS-3, RPL-5, myosin (non-muscle myosin) a TAC-1 (transkripční kofaktor a protein asociovaný s centrosomy). Tyto výsledky naznačují, že SKP-1 a BIR-1 jsou multifunkční proteiny, které jsou...
|
host ::
RSS.